La Saturation d’Oxygène – O²

1/ Introduction

La saturation d’oxygène est une variable(constante vitale) allostérique à deux états. Derrière ce pléonasme, on va essayer de comprendre : Pourquoi allostérique ? Parce que cela étudie les interactions entre deux molécules que sont :

a/ l’hémoglobine qui est une métalloprotéine car elle contient du fer : la hème.

(voir mon article sur l’hématologie ici)

b/ la molécule d’oxygène O².

Pourquoi à deux états ? Pour expliquer cette variable, on se base sur deux états (comme pour le Binaire, ou l’algèbre de Boole) , un état T pour la Tension dit tendu et un état R pour la Relaxation.

Cette variable à deux états est inspiré du modèle Monod-Changeux-Wyman (Changeux est l’auteur de l’homme neuronal) dit modèle ((concerté) par opposition au modèle séquentiel que je n’ai pas étudié). Dans une méthode concerté il n’y a pas d’état mixte, la liaison d’oxygène à l’hémoglobine ne change que l’équilibre entre l’état T et R.

Voici une courbe sigmoïde (courbe à exponentielle locale) qui explicite sur un repère cartésien orthogonal comment évolue la saturation d’oxygène en Y SaO2 (Ordonnée) (liaison entre l’hème et l’O²) par rapport à la pression d’oxygène PO2 envoyé par le cœur (X Abscisse) qui représente la disponibilité d’O2 mesuré par millimètre de mercure.

La pente raide entre 20 et 60 mmHg sur l’axe PO² (x) montre une transition entre l’état tendu et relaxé T et R –> Point 1 et 2.

Pourquoi une courbe sigmoïde ? Une courbe sigmoïde est une courbe en S qui représente de manière parfaite ce qu’on appelle appelle la coopérativité de la liaison entre l’hémoglobine et oxygène. Concrètement cela signifie que pour une liaison, d’autres vont se déclencher par la suite dans une réaction en chaîne qu’on pourra qualifier d’affinité. (Rien à voir avec l’affinité des électrons)

Les états T et R vont permettre de comprendre quand l’affinité est forte et quand l’affinité est faible en fonction de la pression en O².


2/ Lecture du repère cartésien orthogonal

Vous distinguez 3 courbes, la courbe de référence est la courbe bleue, les deux autres courbes vont nous permettre d’expliquer l’affinité diminuée (rouge) et l’affinité augmentée (vert).

On peut diviser la courbe bleue dite sigmoïde en trois points :

a/ Plateau au-delà de 70 mmHg, la saturation est déjà assurée la captation de l’O2 a déjà été faite donc une baisse modéré de pression n’entraîne qu’une faible diminution de la saturation.

b/Pente Raide, entre 20 et 60 mmHg, petite variation de pression entraîne de grands changements de saturation. (Illustration de 20 à 30 en pression on passe de 25 à 50 en saturation) augmentation de 1/3 de pression double la saturation 2/1.

La pente raide entre 20 et 60 mmHg de PO2 montre une transition entre un état tendu T et relaxé R

c/ Zone Basse entre 0 et 20 mmhg, la courbe tend de nouveau à se régulariser et à s’aplatir.

Sur le repaire, je vais vous expliquer l’intérêt des deux autres courbes qui vont me permettre d’expliquer l’affinité augmentée et l’affinité diminuée.

3/ Facteurs d’affinité et clés de l’activité physique.

A/ Quels sont les facteurs qui déplacent la courbe vers la droite(Rouge) et diminuent l’affinité ?

L’effet Bohr

Voilà un mécanisme physiologique complexe, l’effet Bohr (Christian) qui était le père de Niels Bohr, le grand physicien des quantas. Cet effet sous-entend moins d’affinité donc de liaison entre l’oxygène et l ‘hémoglobine mais pourtant plus de transport vers les muscles et tissus.

Lors d’une activité physique les poumons et la partie cérébrale du corps ne sont plus la priorité, au contraire des muscles qui le deviennent. Il faut comprendre que si l’affinité était plus grande les poumons n’auraient plus de réserve pour alimenter les autres parties du corps d’une part et l’effet morbide de l’oxydation sur les muscles et les tissus serait encore plus grande. Il ne faut donc pas que toute l’hémoglobine se lie à l’O² pour garder un certain équilibre.

a/Dioxyde de Carbone (CO²) et désoxyhémoglobine (H+Hb –> Ion Hydrogène Hémoglobine ) (Cliquez sur le lien pour avoir accès au dictionnaire d’académie de médecine 2020 que j’ai trouvé pour vous).

Moins d’affinité mais plus de transport et donc plus de libération d’oxygène aux muscles et aux tissus pour la respiration cellulaire, pendant l’effort physique. En conséquence les muscles rejettent plus de dioxyde de carbone qui va se transformer par réaction chimique en bicarbonate (HCO3-) et en ion H+ (déshydratation).

Pour favoriser encore plus la libération d’oxygène, l’hémoglobine va se dissocier de l’oxygène et se transformer en désoxyhémoglobine (Formule H+Hb) par liaison avec les ions H+. (On parle de protonation car l’atome H+ n’est plus qu’un proton n’ayant qu’un seul électron qui a migré…)

Equation chimique de la réaction : (Veuillez cliquer sur le lien des équations chimiques pour comprendre la notation, j’en ferai de plus en plus avec vous)

b/Diphosphoglycérate (DPG 2,3)

C’est là qu’intervient dans une plus grande proportion (2,3 DPG) le diphoshoglycérate (les chiffres 2 et 3 sont une notation qui indiquent la position des atomes de phosphore sur les atomes de carbone n°2 et n°3).

D’ou provient-il ? C’est à l’origine un sous produit ou un dérivé indirect de la glycolyse, en fait il est formé à partir d’une enzyme DPG mutase et de (1,3 DPG).

Il se lie avec une plus grande affinité à l’hémoglobine désoxygénée (par exemple, lorsque le globule rouge est proche d’un tissu respiratoire) qu’à l’hémoglobine oxygénée (par exemple, dans les poumons) en raison de différences respectives de structures moléculaires : (d’une taille estimée à environ 9 Å) s’insère dans la conformation de l’hémoglobine désoxygénée (avec une poche de 11 Å), mais moins bien dans la conformation oxygénée (5 Å).

Rappel du Angstrom : 10^-10 donc plus petit que le nano par rapport au système métrique d’une décimale

Formule moléculaire, origine et transformation du DPG :

Formule moléculaire wikipedia américain

Formule moléculaire wikipédia française

Il interagit avec les sous-unités de l’hémoglobine désoxygénée et diminue l’affinité pour l’oxygène, tout en favorisant de manière allostérique la libération des molécules d’oxygène restantes liées à l’hémoglobine oxygénée.

Par conséquent, il améliore la capacité des globules rouges à libérer de l’oxygène à proximité des tissus qui en ont le plus besoin.

Comme il réduit l’affinité il stabilise l’état de Tension tout en diminuant l’état de Relaxation.

c/Potentiel Hydrogène du sang (pH) et acide lactique

Le potentiel hydrogène va diminuer et donc s’acidifier une première fois du aux premiers déchets de dioxyde de carbone, de bicarbonate et d’ions H+ (déshydratation). Par la suite

Si les cellules musculaires ne reçoivent pas suffisamment d’oxygène pour la respiration cellulaire, elles ont recours à la fermentation lactique , qui libère de l’acide lactique comme sous-produit. Cela augmente l’acidité du sang bien plus que le CO₂ seul , ce qui reflète le besoin encore plus important des cellules en oxygène.

En effet, en conditions anaérobies, les muscles produisent de l’acide lactique si rapidement que le pH du sang qui les traverse chute à environ 7,2, ce qui entraîne une libération d’environ 10 % d’oxygène supplémentaire par l’hémoglobine.

Le pH normal du sang artériel se situe entre 7,35 et 7,45 (légèrement alcalin).
Pour le sang veineux, il est un peu plus bas, autour de 7,31 à 7,41.

  • Acidémie : pH < 7,35
  • Alcalémie : pH > 7,45

Ces valeurs sont maintenues par les systèmes tampons (bicarbonates, protéines), la ventilation et les reins.

Résumé de l’effet Bohr :

Pendant l’effort physique : L’affinité diminue pour garder en réserve une part d’ hémoglobine. Elle est utile pour que les poumons puisse en stocker afin d’alimenter les autres parties du corps. L’oxyhémoglobine(HbO²) est transportée en abondance vers les tissus qui le nécessitent en fonction de leurs mouvements (rôle de communication joué par les nerfs du corps et le système nerveux). Ces muscles rejettent du dioxyde de carbone qui va se transformer avec l’eau en bicarbonate, et en ions H+ par déshydratation. (voir équation bilan plus haut)

Dans une deuxième phase l’effet Bohr va favoriser la dissociation de l’hémoglobine avec l’oxygène pour en libérer encore plus aux muscles. Intervient alors soit le diphosphate glycérate 1,3 qui se transforme directement en adénosine triphosphate(ATP) par une kinase (enzyme en mouvement) pour favoriser la respiration cellulaire des muscles.

Ou bien celui-ci se transforme en diphosphate glycerate 2,3 qui va se lier de manière préférentielle de part sa structure et sa taille atomique à la désoxyhémoglobine(HHb) et à l’hémoglobine restante afin de fournir encore plus d’oxygène. (oxyhémoglobine) (HbO²).

Enfin il faut souligner la baisse du potentiel hydrogène qui tendra vers l’acidité de par l’accumulation du dioxyde de carbone dans un premier temps, puis par fermentation lactique qui libère encore plus d’acide. On comprend mieux alors le besoin de s’hydrater constamment pour les sportifs afin de rééquilibrer le pH sanguin et d’éviter les crampes causées par l’acide lactique.


Conséquences sur le corps  : Affinité diminué, Hypoxie, Anémie, Hypoxémie, Fièvre, Cyanose, pH acide, crampes.

B/ Quels sont les facteurs qui déplacent la courbe vers la gauche(Vert) et augmentent l’affinité ?

Voilà encore un mécanisme complémentaire de l’effet Bohr. L’effet Haldane permet à l’hémoglobine désoxygénée donc Hhb après l’effort physique de se lier avec les ions H+ et le CO2 notamment dans les tissus.

Une fois envoyé dans les poumons cela va favoriser la libération de CO² et par incidence leur élimination. Ainsi l’air inspiré de nouveau se liera plus facilement à l’hémoglobine et aura une meilleur affinité.

Conséquences sur le corps  : Alcalose, Hyperventilation, adaptation à la pression de l’oxygène en altitude.

John Haldane 1860-1936

4/Mesures

Une valeur de SaO2 (saturation artérielle en oxygène, déterminée par une analyse des gaz du sang artériel inférieure à 90 % indique une hypoxémie qui peut également être causée par une anémie ). Une hypoxémie due à une faible SaO2 est indiquée par une cyanose . La saturation en oxygène peut être mesurée dans différents tissus.

La saturation veineuse en oxygène (SvO₂ ) est le pourcentage d’hémoglobine oxygénée retournant vers le côté droit du cœur. Elle peut être mesurée pour vérifier si l’apport d’oxygène répond aux besoins des tissus. La SvO₂ varie généralement entre 60 % et 80 %.  

Une valeur inférieure indique un manque d’oxygène et l’apparition de maladies ischémiques . Cette mesure est souvent utilisée lors d’un traitement par circulation extracorporelle et peut donner à la personne qui pratique une perfusion une idée du débit sanguin nécessaire au maintien de la santé du patient.

La saturation des tissus en oxygène(StO₂ ) peut être mesurée par spectroscopie proche infrarouge .

Bien que ces mesures soient encore largement débattues, elles donnent une idée de l’oxygénation des tissus dans diverses conditions.

La saturation périphérique en oxygène (SpO² ) est généralement mesurée au bout du doigt à l’aide d’un oxymètre de pouls.

5/Limites et Nuances

La saturation ne reflète pas directement le Contenu en oxygène (CaO₂), qui dépend aussi de la concentration d’Hb. Une anémie sévère peut exister avec SaO₂ normale mais un transport total réduit.

B/ L’extraction tissulaire c’est à dire la part de l’oxygène diffusé aux tissus dépend aussi du débit sanguin et de la diffusion (loi de Fick), pas seulement de l’affinité.

C/Les courbes se réfèrent à HbA (Hémoglobine A, Adulte) en conditions standard.

Les pathologies (HbS, pour hémoglobine Sickle Cell), thalassémies) qui sont des maladies génétiques qui modifient parfois la forme et la position.

6/L’oxymètre périphérique (pulsation)

L’oxymétrie (mesure de l’oxygène) périphérique (SpO2) est un examen non invasif d’oxymétrie permettant de quantifier la saturation en oxygène de l’hémoglobine au niveau des capillaires sanguins.

Les deux variables biométriques(mesurer les caractéristiques vitales) sont la SpO2 et la fréquence cardiaque. La SpO2 et la fréquence cardiaque sont considérées comme des paramètres vitaux en médecine clinique.

La SpO2, saturation périphérique en oxygène, est très proche de la SaO2, saturation artérielle en oxygène.

L’oxymètre périphérique est placé au niveau de la phalange distale car c’est un endroit fin. Un vernis à ongles peut fausser la mesure car c’est une technique d’absorbance de la lumière du sang, on dit parfois qu’elle est colorimétrique. (mesure la couleur)

Fonctionne d’abord avec un émetteur de lumière dans deux longueurs d’onde : celles de l’infrarouge et celles dans le proche infrarouge ainsi qu’un capteur d’électrons qui excitent des photons captées à leur tour :

1/ La part transmise par les os, tissus, veines SpO²

2/La pulsation lumineuse mesure également la variation du flux sanguin systolique et permet de mesurer la fréquence cardiaque notée FC.

La Réplication de L’Acide Désoxyribonucléique

Il y’a maintenant plusieurs années je m’étais intéressé à la réplication de l’ADN et à son fonctionnement, je voulais vous synthétiser dans un petit article comment fonctionne cette double hélice essentielle au plus profond des cellules de notre corps.

Dans les bras de nos chromosomes, les télomères se trouvent nos gènes dans lesquels se trouve une structure à double hélice, j’ai nommé l’acide désoxyribonucléique.

Cherchons dans un premier temps un peu à analyser la structure orthographique de ce mot : désoxy peut faire penser à l’atome d’oxygène en moins, ribo peut faire penser au ribosome mais surtout à la ribose ou encore ribose.

Nucl, veut dire le noyau.

Cet acide est composé de quatre bases : l’adénine, la guanine, la thymine et la cytosine.

Etudiez les bases nucléiques, c’est fondamental pour comprendre l’ADN, il existe deux types de bases, les bases puriques et les bases pyrimidiques, la grande différence entre les bases est le nombre de liaisons covalentes internes : une base pyrimidique forme 1 à 6 liaisons atomiques covalentes internes, une base purique en forme 1 à 9.

Alors comment ça marche ?

L’Acide a la forme d’une double hélice.

Voici le schéma que j’ai amélioré pour vous aider à comprendre, une petite explication s’impose. 5 et 3 sont les deux chiffres magiques qui vont déterminer le sens de lecture et le sens de synthèse.

La synthèse du brin de réplication(brun synthétisé) se base sur la lecture du brin inverse (brun matrice) dans le sens des extrémités 3 à 5, du 3ème atome de carbone qui forme le sucre ribose jusqu’au 5ème jusqu’à la liaison avec le phosphate.

Petit aparté, le phosphate est un ion phosphore oxydé par 4 atome d’oxygène et tous les composés qui se terminent par ate subissent l’effet de l’oxydation.

J’ai amélioré un graphique en deux dimensions ce qui n’est pas tout à fait convenable pour expliquer la structure en double hélice mais cette amorce va vous aider à comprendre le principe. J’ai numéroté tous les atomes de carbone pour vous aider à comprendre le sens de réplication.

Donc pour reprendre on veut synthétiser le brun gauche qui commence par la base Adénine (en vert) on sait que l’extrémité est 5, de l’autre côté le brun inverse de par la structure en double hélice, l’extrémité est 3 en haut donc le brun gauche va commencer par lire l’information (phase 1) puis la synthèse commence (phase 2).

(phase 3) Par la suite on lit le brun gauche en partant du bas dans le sens 3 à 5 à nouveau

( brun matrice) pour synthétiser le brun droit dans le sens 5 vers 3 (phase4)

L’ADN Ligase (lien catalyseur) est une enzyme qui va permettre aux bases respectives de se lier et de former l’acide.

Alors c’est bien gentil mais comment ca peut marcher aussi bien, il faut bien un début et une fin pour lire l’information et synthétiser ? Et bien vous avez raison L’ADN Polymerase qui est l’enzyme qui amorce la réplication va avoir besoin des fragments d’Okazaki.

En effet lors de la réplication compte tenu de ce que nous avons déjà expliqué, nous ne pouvons répliquer les bruns simultanément par magie donc nous allons avoir un brun précoce qui sera répliqué et un brun tardif qui sera répliqué de manière discontinue grâce aux fragments brun bleu du bas.

Fragments D’Okazaki

La Table périodique quantique et les propriétés chimiques du mercure

Lors de mon précédent article sur la table périodique de la physique classique que je vous avais présenté, je vous avais dit que je souhaitais approfondir mes recherches sur ce monument de science réalisé par Mendeleïev et bien aujourd’hui, nous allons attaquer la version quantifiée (de la physique des quantas).

Accrochez-vous parce que ce n’est pas si intuitif et il y’a des termes à approfondir dans un premier temps, en voici une liste.

1/Table Périodique

2/ Orbitale atomique

3/ Nombre quantique n

4/ Sous-couches électroniques

5/ Nombre quantique secondaire L (Bloc)

6/ Nombre quantique magnétique ml

7/ Nombre quantique magnétique ms

8/ Règle de Kechklowski

Je vous ai préparé une table qui essaie de représenter ces concepts plus visuellement que ce que l’on trouve sur Wikipédia.

Ce qu’on remarque en premier lieu comparé à la table de physique classique c’est que nous avons deux fois moins de cases. Les éléments ne sont plus représentés mais laissent place à des couches et des sous-couches électroniques.

Essayez de zoomer ou de télécharger ma table pour le comprendre.

Nous n’avons donc plus 118 éléments mais une correspondance entre orbitales, couches, sous-couches et blocs définies par 59 cases : une case est une sous-couche, une couche est une ligne ou période.

Les couches sont représentées par le nombre quantique N qu’on peut aussi appeler période ; pour essayer de réconcilier la table de la physique classique et la table de la physique quantique. C’est ce que j’ai essayé de faire dans cette table.

Le nombre quantique N représente l’énergie de l’électron en fonction de sa place sur l’orbital, le nombre quantique L représente le moment angulaire de l’électron c’est à dire sa position sur l’orbital.

D’autre part les blocs (en bas sur ma table) sont représentés par le nombre quantique secondaire L dit azimutal :  0 ≤  ≤ n – 1. Cela vient du terme en astronomie azimut.

Révisons un petit peu la table périodique classique :

Table périodique classique :

Table périodique quantique :

Comme je l’ai déjà écrit nous n’avons donc plus 118 éléments mais une correspondance entre orbitales, couches, sous-couches et blocs définies par 59 cases.

N est le nombre quantique qui représente le nombre de couches électroniques de l’atome, la période c dite classique reprend les couches de la table périodique classique.

A gauche vous avez le nombre d’électrons total par période, blocs, orbitales, couches et sous-couches, En quantique on fonctionne toujours par pair, la première sous-couche 1S(harp) compte 2 électrons. 

Prenons la deuxième couche, elle compte 4 sous-couches 2S(harp) 3 sous couches 2P(rincipal) qui totalisent 8 électrons.

Pour vous expliquer comment les électrons se répartissent parmi ces couches

On va commencer par faire un petit calcul de configuration électronique pour un élément très important en médecine pour prendre la tension cardiaque systolique et diastolique : le Mercure de symbole atomique Hg.

Si on compare les deux tables on a un atome de mercure en position 80 (numéro atomique= nombre de charges = nombre d’électrons) en physique classique ce qui correspond à la case 5d(iffuse ) du bloc L2(moment angulaire) pour 5 orbitales dans les métaux dits de transitions.

On sait comme en physique classique que pour calculer la configuration électronique d’un élément chimique, il faut se reporter au gaz stable rare le plus proche en dessous dans le table périodique, dans notre cas précis c’est le Xénon.

Le Xénon [Xe] à un numéro atomique de 54 donc nous avons deux solution pour calculer la couche électronique du Mercure Hg

On part du Xénon et on va déterminer 80 électrons (mercure)-54 électrons(Xenon) = 36 il nous reste 36 électrons à placer.

Partez maintenant de la sous-couche correspondant à la place du mercure 5d(iffuse) à prendre les 3 sous-couches du Mercure en partant vers la gauche sur la table : 4f14+ 5d10 + 6s2 soit (14+10+2) électrons = 36.

54([Xenon])+36 = 80 (numéro atomique, nombre de charges(protons et électrons)).

Pour récapituler la configuration électronique est : [Xenon] 54 + les sous-couches 4f14+5d10+6s2

Mais alors comment repérer les électrons de valence avec cette notation ? : C’est simple ce sont les électrons associés à la couche du numéro atomique N le plus élevé car c’est la couche la plus éloignée du noyau atomique.

Dans notre exemple le Mercure a bien la couche 6s2 de nombre quantique 6 est celui qui va délimiter le nombre d’électrons sur la dernière couche N6 ou de période P = 2.

On va remplir d’abord la première case de cette table :

1/ D’après la méthode de Kachlowski on remplit d’abord la couche et la sous-couche 1s(harp), ce qui nous donne 2 électrons.

2/ Ensuite on remplit la sous-couche de la deuxième couche 2s(harp) ce qui nous donne encore 2 électrons.

3/ Ensuite on remplit deux sous-couches de deux couches différentes : 2p(rincipal) et 3s(harp) ce qui nous donne 8 électrons.

4/ Ensuite on remplit deux autres sous-couches de deux couches différentes : 3p(rincipal) et 4s(harp) ce qui donne encore 8 électrons.

5/ Ensuite on remplit 3 sous-couches de 3 couches différentes 3d(iffuse), 4(principal), 5s(harp) ce qui nous donne 18 électrons.

6/Ensuite on remplit 3 sous-couches de 3 couches différentes 4d(iffuse), 5(principal), 6s(harp) ce qui nous donne 18 électrons.

7/Enfin on remplir 2 sous-couches de 2 couches différentes 4f,5d. ce qui nous donne 24 électrons

Voici un autre graphique pour utiliser la méthode pour utiliser la règle de Kachlowski :

Vous avez compris ? Moi cela m’a pris un peu de temps, cela demande patience et application.

Je reviendrais plus tard compléter l’article en rapport aux orbitales, au nombre quantique magnétique noté ml et le nombre quantique magnétique de spin(rotation de l’électron).

Je vous ai mis les liens au début de l’article, a vous de les approfondir.

Ce qui m’intéresse maintenant c’est de vous détailler les propriétés chimique d’un élément en particulier le Mercure et dans ses moindres caractéristiques.

MERCURE (HG) 80

Note : Mercure est un élément physique de symbole Hg, de numéro atomique 80 (nombre de protons et d’électrons) il est communément appelé Argent rapide (Quicksilver). Mercure est l’unique élément qui est liquide à des conditions standards pour la température et la pression. Le seul autre élément qui est liquide dans ces conditions est le brome.

Il a été découvert par les égyptiens.

Spectre d’émission : le mercure émet des ondes électromagnétiques donc des ondes de lumière visibles intensément dans le bleu et aussi dans le vert.

Propriétés classiques

Poids Atomique ( Masse atomique relative) : 200.592560642052 (g/mol)

La force de l’attraction terrestre sur l’atome en g/mol

Densité absolue : 13.5336 (g/cm3)

Masse par rapport au volume d’un corps

Point de fusion : -38.83°C = 234.32 K = −37.89 °F

Le point de fusion est le point auquel l’élément change de phase en passant de l’état solide à l’état liquide. Il dépend aussi de la pression mesuré en atmosphère ou kPa (kilo pascal)

Point d’ébullition : 356.73°C= 674.11 F° = 629.88 K

Groupe Atomique : IIB

Valence : I, II 1 ou 2 atomes seulement peuvent participer à des liaisons covalentes.

(Nombre d’électrons sur la couche externe pouvant participer à une liaison chimique)

Période : 6 (couche P dans la table)

Block : d-block veut dire diffuse bloc dans la table périodique quantique (voir la table périodique quantique que j’ai réalisé) En effet il est à la position 5d dans les métaux dits de transition.

L’ion mercure :

L’ion mercure est chargé deux fois Hg2+. Comme je l’avais pensé, cela est du à la perte des deux électrons de la dernière couche externe dite de valence ainsi l’avant dernière sous-couche va être dans un état méga stable avec 10 électrons remplie 5d(iffuse).

Les états d’oxydation :

Voici un point sur lequel je vais m’arrêter longuement, on a abordé dans mes précédents articles sur le table périodique classique et les différentes représentations moléculaires : les liaisons covalentes ou les électrons sont échangés entre les atomes pour former une molécule tout aussi neutre grâce aux électrons de valence.

Mais ces liaisons covalentes ne sont qu’une partie de la chimie, en effet la plupart des autres composés obéissent à des liaisons électro-ioniques ou les électrons ne sont pas échangés mais transférés par électronégativité.

Voilà qui mérite un article à lui seul mais sachez que les états d’oxydation pour un atome dans un composé ionique peuvent aller de -5 à +9 en passant par 0. Ces états ne veulent pas dire que le composé est chargé électriquement ou négativement mais cela représente une valeur scalaire des atomes d’oxygène ou d’hydrogène dans un composé.

Je décrirai toutes ces règles dans un autre article mais sachez que pour le mercure d’après ma table périodique avancé, l’atome Hg peut avoir l’état 0, +1, +2, +4.

Le potentiel d’ionisation

Le potentiel d’ionisation est l’énergie qu’il faut induire à l’atome pour expulser un électron et donc créer un déplacement : 10.438 eV(électron volt)

Le rayon de l’atome : 171(picomètre) soit (10^-12)

Le rayon de covalence :138 (picomètre)(10^-12)

Le rayon de covalence est le rayon de la liaison chimique.

Le rayon de Van Der Waals :209(picomètre (10^-12)

Je vous renvoie à la définition si vous voulez approfondir mais ce qu’il faut savoir c’est que c’est la plus petite approche d’un atome par une sphère donc potentiellement un autre atome.

Van Der Waals 1837-1923

Propriétés Electromagnétique

Conductivité électrique : 1040582.72632674 S/m

Exprime la capacité du matériau à conduire les électrons. Réciproque de la résistivité.

L’unité utilisé que je ne connaissais pas est le (S/m) Siemens par mètre Werner Von Siemens est le nom d’un ancien physicien qui s’intéressait de près à la conductivité du mercure.

Werner Von Siemens 1816-1892

Type électrique : Conducteur

Le point de superconduction :

Il s’agit du point auquel la résistance disparait et le champ magnétique est expulsé. (train Hyperloop) Température proche du zéro absolu.

-269.0°C = -452.2°F = 4.15K

Type Magnétique : Diamagnétisme

Le préfixe dia, veut dire à travers, cela explique pourquoi dans nos anciens sphygmomanomètres le mercure sert à mesurer la pression artérielle systolique et diastolique. Il émet un champ magnétique extérieur opposé ce qui le transforme en instrument de mesure de la pression.

Un tensiomètre électronique fonctionne de manière automatisée, principalement grâce à la méthode oscillométrique.

Susceptibilité Magnétique du volume : -2.84 . 10^-5 (m^3/mol)

Susceptibilité Magnétique de la masse : -2.1 . 10^-9 (m^3/mol)

Susceptibilité Magnétique molaire : -4.21 . 10^-10 (m^3/mol)

Résistivité :

Capacité de résistance de l’atome à l’électricité mesuré en Ω . cm :

9.61 par 10^-7 (Ω . m) (lettre grecque Omega)

Propriétés Thermodynamique

Phase : Liquide

Etat de la matière selon des variables standard de température et de pression. Se dit aussi pour des ondes superposés.

Enthalpy de fusion :

L’enthalpie de fusion anciennement appelée la chaleur de fusion est une fonction que je ne connaissais pas mais qui permet de regrouper en une seule équation toutes les variables thermodynamiques d’un matériau. Les trois variables sont l’énergie interne, la pression et le volume.

Chaleur Spécifique :

139.5 (J/kg . K)

La chaleur spécifique est la capacité thermique d’un matériau rapporté à sa masse exprimé en Jouls/kg par Kelvin.

Expansion thermique :

L’expansion thermique est la capacité du matériau à augmenter en longueur, surface ou volume sous l’effet de la chaleur.

60.4 . 10^-6(C°^-1)

La Chaleur de vaporisation :

59.11 (kJ . mol)

Chaleur pour laquelle le liquide se transforme en vapeur

Les paramètres cristallins, aussi appelés paramètres de maille, sont des grandeurs utilisées pour décrire la maille d’un cristal. On distingue trois longueurs (abc) et trois angles (αβγ) qui déterminent entièrement le parallélépipède qu’est la maille, élémentaire ou multiple.

Les paramètres ab et c sont mesurés en Angstrom en nanomètres (nm), parfois en picomètres, et α (alpha), β (Beta)  et γ (Gamma) en degrés (°).

L’Angstrom est une unité juste en dessous du nanomètre c’est à dire 10^-10m

1ere phase crystalline

Forme du Crystal : Rhomboèdre

longueurs :

a (hexagonal)=3.464 A c (hexagonal)=6.708 A

Attitude : 1.94

2ème phase cristalline

Forme du Crystal :

Le cube corps centré

Propriétés :

a = 3.995 A c = 2.825 A

Debye température :

En thermodynamique et pour la physique des états solides, le modèle de Debye est une méthode développé par Peter Debye pour estimer la contribution du phonon (son) à la chaleur spécifique. Il permet de traiter les vibrations du réseau cristallin de l’atome comme les phonons dans une boite contrastant avec l’effet photoélectrique d’Einstein qui traite du solide comme de nombreux oscillateurs harmoniques quantiques individuels et non interactifs.

Propriétés du matériau

Conductivité Thermique : 8.3 (W/mK)

La mesure qui permet de conduire la chaleur mesuré en Watt par milli (10^-3) Kelvin.

Transmission de la vitesse du son : 1451.4 (m/s)

La vitesse à laquelle le son se propage à l’intérieur du matériau.

Index de Réfraction :1.000933

Modification du chemin de la lumière par son passage dans le matériau

Poisson Ratio :

En science des matériaux, le ratio est un rapport à deux dimensions, il exprime la déformation perpendiculaire par la pression mesuré par le symbole ν (nu)) . Il est défini comme le ratio d’une augmentation de la pression infinitésimale qui a pour résultat une décroissance du volume.

Bulk modulus :

Mesure noté K modulaire de la résistance du matériau à n’importe quelle pression.

Shear modulus :

En science des matériaux, le module de cisaillement ou le module de rigidité, noté G, ou parfois S ou μ, est une mesure de la raideur élastique d’un matériau et est défini comme le rapport entre la contrainte de cisaillement et la déformation de cisaillement 

Propriétés Réactives

Electronégativité : 2

L’électronégativité est une quantification de la force d’attraction des atomes sur les électrons qui vont participer à la liaison chimique pour se lier à d’autres atomes.

Cliquez sur le lien pour voir la table périodique de l’électronégativité.

L’affinité Electronique : -48.0 kJ/mol

L’affinité électronique est l’énergie libérée par un électron lors de la liaison chimique.

Radioactivité : Non

Emission d’onde radio du matériau

Demi-vie : (Aucune car pas radioactif)

Autres propriétés :

Section Efficace des Neutrons : 374 barn

En physique nucléaire la section efficace des neutrons est utilisé pour décrire l’interaction entre un neutron et une autre particule à noyau.

Barn : est une unité de mesure de surface plus petite que le femtomètre (unité la plus petite du système métrique classique 10^-15) donc très utile pour le calcul quantique.

Densité liquide :

13.534 (g/cm^3)

Echelle de Mohs : None

Dureté de Vickers : None

Dureté de Brinnel :

Molar volume :

0.0000148213 (cm^3/mol)

Exercice :

Vous avez compris ? Enfin je remercie mon ami russe qui a réalisé cette table périodique pour moi que je consulte sur mon IPHONE américain. Paix pour un monde meilleur. 😊

Les différentes représentations moléculaires

Qu’est qu’un cycle?

Toute forme représentant un hexagone fermé est un cycle, par exemple le carbone lié par des liaisons covalentes comme ceci en est un.

Une molécule est une liaison d’atomes. Chaque sommet de l’hexagone représente un atome de carbone s’il n’y a pas d’autre dénomination symboles du tableau périodique ou composé moléculaire. (Un cadeau pour celui qui cliquera 3 fois sur les trois liens hexagone : hexagone , hexagone).

Sur ce cycle on voit un hexagone de 6 atomes de carbones en noirs liées chacun à 6 atomes d’oxygènes en périphérie.

Exemple de cycle : la Mésomérie du benzène

Un rond dans un cycle permet d’aborder Cycle avec des liaisons doubles supplémentaires positionnables à n’importe quel endroit de l’espace. On parle aussi de résonance.

Sur les encyclopédies en ligne : vous trouverez beaucoup de molécules représentés sous forme d’hexagone ou de pentagone, l’hexagone est le cycle (dans lequel l’oxydation et l’entropie sont diminuées.)

Le pentagone quant à lui est le sucre, ou aussi appelé « ose » composant de la chimie organique essentiel à la nature et à l’humanité (réplication de l’ADN (ribose, désoxyribose) glycoprotéine, glycolyse, métabolise l’énergie au sein des mitochondries dans tout les corps cellulaires.

On peut noter que cela facilite la mémoire visuelle et la mémoire des formes.

La représentation de CRAM

Il existe plusieurs représentations dans le plan et son espace, certaines molécules peuvent être situées en arrière ou d’autre en avant du plan.

Un trait simple indique une liaison dans le plan.

Un trait plein en forme de triangle de la liaison entre le carbone et l’hydrogène indique une liaison entre les deux atomes légèrement en avant du plan et les triangles en pointillés indique une liaison en arrière du plan.

Cela permet de représenter les molécules dans une fausse 3D et laisse place à notre pensée visuelle.

Des représentations en 2D volumétrique et une couleur pour chaque atome en rouge sont aussi efficaces l’oxygène, en violet le nitrogène, en blanc l’hydrogène, en gris/noir pour le carbone.

La projection de Haworth

Dans le plan les traits les plus épais indiquent une position spatiale plus proche par rapport au lecteur, un trait plus fin au contraire une distance proximale plus éloignée.

La projection Haworth est un moyen simple de représenter une molécule de sucre (ose)

On remarque que c’est par l’atome d’oxygène O du composé OH que la liaison se fait.

Ou bien par l’atome de Carbone du composé CH2OH.

La projection de Fischer

Dans la projection de Fischer la place centrale est réservée au carbone, c’est le squelette ou l’armature de la représentation.

La Formule brute

Ex : C2H6

Indispensable mais reprend pour ainsi dire les lettres des éléments du tableau périodique avec une valeur numérique qui définit le nombre d’atomes, d’anion ou de cation de chaque composé moléculaire. Il s’agit toujours de regarder la formule brute en premier lieu.

Je complète aujourd’hui cette article pour vous montrer comment deviner le nom d’une molécule à partir de sa formule brute, en effet c’est un bon exercice pour travailler votre intelligence sachez qu’il existe cinq composés différents que l’on peut déterminer : Ionique (+ ou -), covalents, oxyde, hydrate, acide sachant que des oxydes ou acides peuvent être covalents. (A compléter plus tard).

Formule développée plane : représente toutes les liaisons en détail, couteux en termes de temps et rébarbatif, à utiliser au début lorsque l’on débute en chimie.

Formule Semi-Développée :

Ne représente que certaines liaisons de composés moléculaires peut s’exprimer orthogonalement (des deux côtés) voir mon article sur l’influx nerveux.

Formule développée

Permet de représenter la formule dans l’espace, en 2 ou 3 dimensions ce qui est très pratique pour différencier les isomères. Un isomère étant comme son nom l’indique des molécules qui ont la même formule brute.

Mettre en avant des atomes liés particuliers, l’exemple de la xanthine :

Voici la formule de la Xanthine, les sommets qui ne sont pas représentés sont des atomes de carbone. A partir d’une formule brute on peut compléter cette représentation.

Vous remarquerez que les atomes d’azote du composé NH appelées en anglais Nitrogène sont mis en avant par rapport à son atome d’hydrogène pour bien montrer le nitrogène est lié 2 ou même 3 fois à chaque fois.

La structure de Lewis

La structure de Lewis permet de représenter pour chaque atome. Les électrons sur la dernière couche externe ainsi que les électrons de valence et j’en ai déjà parlé sur mon article du tableau périodique, ce sont les électrons qui participent à la liaison chimique lors de liaisons covalentes.

Malgré ses limites formelles, la représentation de Lewis est très utilisée en chimie organique pour préparer les mécanismes réactionnels.

Au niveau de l’atome :

Lewis est utilisé soit au niveau de l’atome en lui-même soit à un degré plus haut au niveau de la molécule. Commençons par l’atome, par une simple lecture du tableau périodique (voir mon article) vous pouvez savoir combien d’électrons sont sur la couche externe.

On sait qu’un atome de nitrogène a un numéro atomique de 7 donc sur ses 2 couches : K2 L5.

A partir du moment ou un atome a plus de quatre électrons sur sa couche externe on lie les électrons par deux sous forme d’un trait. (Doublet non liant). Un doublet est stable alors qu’un électron célibataire est réactif.

L’atome de soufre qu’on verra plus loin au niveau de la molécule a 6 électrons sur sa dernière couche et peut avoir 2, 4, ou 6 électrons de valence donc on peut faire 3 doublets non liants.

Au niveau de la molécule :

1/Acide Sulfurique  

La formule de Lewis au niveau de la molécule a l’avantage de montrer les doublets non liants c’est à dire les électrons sur la dernière couche qui ne participent pas à la liaison chimique.

Partons de la formule brute du pour notre première molécule c’est-à-dire l’acide Sulfurique (Soufre) :      

Formule brute : H2 S O4 : 2 atomes d’Hydrogène 1 atome de Souffre et 4 atomes d’Oxygène

On sait qu’un atome de souffre qui est l’atome clé de notre composant a un numéro atomique de 16 dans le tableau périodique soit un nombre de charges (nombres de protons (+) et d’électrons (-) de 16 (Je rappelle que l’atome est neutre) 

 Donc sur les 3 couches :

 K L M (la règle du duet (2) sur la couche K s’applique sur la première couche,

La règle de l’octet (8) L sur la deuxième couche

La configuration électronique de la 3ème couche M est donc de 16-8-2 = 6

On doit donc respecter 6 liaisons pour l’atome de Soufre.

On a dû casser les doublets non liants de l’atome de souffre ce qui veut dire que cette représentation au niveau atomique et on remarque à chaque fois 2 doublets non liants soit 4 électrons pour l’oxygène.

L’Oxygène à un numéro atomique de 8 donc on a 2 électrons sur la couche K et 6 sur la couche L donc 6 électrons de valence également alors qu’il n’a que deux couches.

2/ Composé organique(Carbone)

Molécule d’Ethanol

Un atome de carbone peut avoir 2 ou 4 électrons de valence, un atome d’hydrogène a 1 électron de valence. Un atome d’oxygène en a 2 mais a 6 atomes sur sa dernière couche donc il aura deux doublets non liant.

3/ Composé ionique

Ion Positif dans la structure de Lewis.

Ici le composé moléculaire est formé de 3 atomes d’hydrogène avec un seul électron de valence sur la couche K (1) et pour l’oxygène on a 6 électrons sur la dernière couche K (2) L (6).

On voit qu’il a déjà 3 liaisons électroniques avec des atomes d’hydrogène.  Un doublet non liant plein et un doublet non liant vide (ou cassé).

Ce doublet non liant vide représenté en blanc veut dire qu’un électron s’est libéré pour transformer l’atome d’oxygène en ion positif.

Enfin pour finir je vous parlerai de chimie organique et donc notamment de la chimie du carbone, d’azote aussi appelé nitrogène, de chlore et de brome. par opposition à la chimie des minéraux.

Les notations internationales chimiques

Il existe des notations qui permettent de mieux comprendre comment s’agencent les molécules sur le plan atomique.

Vous trouverez dans la version Anglaise de Wikipédia bien plus riche en termes de contenu que la version française quant à la terminologie de ces nomenclatures.

Je compléterai cet article car elles obéissent à des règles complexes qui ont notamment été établies par l’union internationale pure de chimie appliquée (IUPAC), je pense notamment à la forme structurale.

Enfin pour finir voici une petite liste des logiciels que vous pouvez utiliser sur ordinateur pour représenter des molécules :

Voici quelques solutions (gratuites pour la plupart) qui transforment automatiquement un simple nom (ou formule/IUPAC/SMILES) en modèle 3D manipulable ; elles couvrent aussi bien les molécules discrètes que les composés ioniques cristallins :

OutilOù ?Ce qu’il suffit de fairePoints forts / limites
MolViewWeb (molview.org)Tape le nom (« caféine », « chlorure de sodium », etc.) dans la barre de recherche ➜ le viewer charge la structure PubChem et l’affiche en 3D (bouton « 3D » ou « 2D → 3D »).Extrêmement rapide, aucune installation, export .mol/.pdb possible. Modèles cristallins simplifiés pour les solides ioniques. MolView
PubChem 3D ViewerWeb (pubchem.ncbi.nlm.nih.gov)Recherche ton composé ➜ onglet 3D conformer ➜ visualisation interactive, téléchargement (SDF, PDB).Base de données géante ; propose plusieurs conformères + génération d’images HD. PubChem
ChemSpiderWeb (chemspider.com)Recherche par nom ➜ clic sur « 3D » (JSmol) pour manipuler la molécule.130 M structures issues de multiples sources ; export facile. chemspider.comblogs.rsc.org
WebQC 3D Molecular ViewerWeb (webqc.org)Entrer directement la formule ou le nom, valider.Dépannage ultra‑léger ; pas d’options avancées. webqc.org
Avogadro 2Logiciel (Windows/Linux/macOS)Menu : Build → Insert → SMILES/IUPAC Name ou Extensions → Import → PubChem…Open‑source complet : édition, optimisation géométrique, rendu publication. Idéal hors‑ligne. two.avogadro.cc
Jmol / JSmolLogiciel & librairie WebOuvre le fichier récupéré (mol, cif, pdb, etc.) ou intègre JSmol dans ta page HTML pour charger par nom via scripts.Libre, scriptable ; gère molécules, biomolécules et cristaux. jmol.sourceforge.net
Materials ProjectWeb (materialsproject.org)Cherche le solide (ex. « NaCl » ou mp‑25260) ➜ Interactive Crystal Structure pour la maille 3D.Parfait pour composés ioniques/cristaux : maille, plans, propriétés ab initio. Compte gratuit requis. next-gen.materialsproject.org
RCSB PDB Mol*Web (rcsb.org/3d-view)Pour biomolécules (protéines, ADN) : saisie du code PDB ou nom, visualisation immédiate.Puissant pour macromolécules, superpositions, surfaces, etc.

La Table périodique de Mendeleïev

Avant de s’attaquer à la chimie et à la représentation des molécules, il est nécessaire de faire un point sur ce qui est le socle de l’électronique intrinsèquement lié à cette discipline, j’ai nommé la table périodique.

Pourquoi ? Car pour garder des molécules neutres il est nécessaire d’avoir une équivalence électronique qui va être la balance de la charge positive protonique hormis pour les anions (-) ou les cations (+)

Je vais vous présenter plusieures tables différents dont deux premiers que l’on analysera en détail pour en comprendre la structure.

Il n’est pas si aisé de savoir lire les tables périodique imaginé par Mendeleïev en 1869, car en fait il regorge d’informations ou encore d’interprétations.

Parlons de sa structure première, il hiérarchise les éléments en colonnes 18 qu’on appellera couches et en 7 lignes qu’on appellera périodes, qui sont en fait les périodes de révolutions des électrons (leur trajectoire orbitale sur la couche). Il présente 118 éléments en fonction de leur masse croissante par rapport à l’isotope(même nombre de protons mais pas de neutrons) du carbone 12.

Chaque élément présents sur la même couche ou colonne présentent un nombre d’électrons sur la dernière couche, dits électrons de valence. Certains de ces électrons vont participer à la liaison chimique quand deux atomes vont former une molécule.

L’Hélium qui n’en comporte que deux est l’exception qui confirme la règle.

Il faut distinguer électrons de valence, et la valence chimique, tous les électrons de valence ne participent pas à la liaison chimique donc parmi ces électrons on peut déterminer leur valence chimique, qui sont les électrons qui vont participer à la liaison chimique entre deux atomes au sein d’une molécule.

Je vais expliquer cela avec le dioxyde de carbone plus tard dans l’article.

Tout d’abord comment se lit une case de la table périodique :

Le nombre atomique représente le nombre de protons, la lettre son appellation lorsque l’on lit une formule moléculaire. La masse soit quantité de matière figure en dessous ou en haut a droite dans un dictionnaire .

Sur certaines tables on peut trouver l’élément sous la forme à l’état 0° avec une équivalence de pression en kPa et parfois le nombre de masse (c’est à dire le nombre de protons et de neutrons) par opposition au nombre de charges qui sont le nombre d’électrons et donc insidieusement de protons (l’atome étant neutre).

L’hydrogène à une certaine pression forme des nuages.

L’hydrogène est sur la colonne 1 donc il a un électron sur sa couche externe, c’est à dire un électron de valence.

Maintenant la table dans son intégralité :

A partir de la 13ème couche on note la colonne : 13-10 = 3 pour occulter les métaux dits de transition en beige dans la table.

Premier exemple :

Lorsque je prends le Carbone, je vois qu’il est en couche 14-10 = 4, il a donc 4 électrons sur sa couche externe(valence).

Bien mais si je veux le lier à un atome d’oxygène pour former par exemple du dioxyde de carbone. Je lis que l’oxygène est sur la couche 16 -10 = 6, il a donc 6 électrons sur sa couche externe(valence).

Comment faire pour les assembler correctement sur le plan de la molécule ? Car il n’ont pas le même nombre d’électrons qui participent à la liaison chimique.

Lorsque l’on travaille en seconde ou première, nous travaillons principalement avec 3 couches électroniques : la couche K, la couche L et la couche M.

Cette répartition en 3 couches est fondamentale pour appliquer la règle du duet(2) et de l’octet(8),

On cherche à saturer ces couches pour que la dernière d’entre elle, j’ai nommé la couche externe forme des liaisons covalentes entre différents atomes de la table périodique pour former des composés moléculaires. Les liaisons covalentes sont aussi appelés des doublets liants : les électrons sont échangés et non transférés.

Il faut savoir que la couche K est saturé par un duet,(2) d’électrons que la couche L par un octet (8) d’électrons et que la couche M par un nombre de 18. Nous verrons qu’il existe bien d’autres couches…

Pour calculer les électrons sur la couche externe de chaque atome, on va se baser sur la composition électronique du gaz antérieur le plus proche : pour les deux atomes qui nous intéressent il s’agit de l’hélium qui n’a que deux électrons sur sa couche K(2), cela n’a donc pas d’importance pour notre calcul puisque le carbone et l’oxygène ont une couche K saturé d’un duet (2) également.

Reprenons, le carbone et l’oxygène comme on l’a vu ont 4 et 6 électrons sur leur couche

Carbone 6 : K(2) L(4)

Oxygène 8: K(2) L(6)

On a donc 6 électrons sur la couche externe pour l’oxygène et 4 électrons sur la couche externe pour le carbone externe mais l’oxygène qui veut respecter la règle de l’octet et saturer sa couche externe pour se stabiliser n’a que deux électrons qui vont participer à la liaison chimique.

Donc pour respecter l’équivalence, il nous faudra deux atomes d’oxygène puisque le carbone central a 4 électrons.

Un trait représentant deux électrons, on voit bien que chaque atome d’oxygène a deux liaisons et que le carbone en a au total 4 de par sa position centrale dans la molécule.

Table périodique version minéral :

Table périodique Applications usuelles :

Autre utilité de la table périodique : déterminer les ions propres à chaque atome : dits monoatomiques.

Là encore on va s’attaquer à calculer sur la base du numéro atomique soit son nombre de charges (protons, électrons)

L’atome va chercher à devenir encore plus stable ainsi il va chercher à se lier au gaz rare méta-stable le plus proche sur la table.

Ainsi Le fluor de nombre de charges 9 va gagner un électron en essayant de se stabiliser au néon (10) le gaz rare noble qui lui est associé ce qui va donner l’ion F-¹ .

Le chlore (17e) va gagner lui aussi gagner 1 électron en essayant de se stabiliser comme l’argon (18e) donc on aura Cl-1

Mais pourquoi le carbone n’a pas d’ion monoatomique ? Et bien c’est le propre de la chimie organique : voici une petite explication fournie par chat gpt :

https://chatgpt.com/share/687be9b9-6e00-800f-9c24-df244225c9bd

Par contre, ce qu’il faut comprendre c’est que la table périodique dite classique contrairement au quantique n’est pas adapté pour calculer les ions monoatomiques des métaux en transition.

Le fer a deux ions Fe2+ et Fe3+ dans ces conditions une structure avec des blocs des sous-couches, des couches, des orbitales sera plus adapté pour calculer ses ions. voir mon article sur la table périodique quantique.

Résumé :